辦公室（保密辦公室）負責行政工作的管理、檢查、督辦，協調日常運轉；承擔公文流轉、安全保密、密碼管理、新聞宣傳、辦公信息化、信訪、保衛、機要、檔案管理和綜合統計等工作，承擔內部審計工作。

戰略與規劃研究室（簡稱“戰規室”）開展海洋觀測、調查、監測技術與裝備發展戰略以及國際合作政策研究，擬訂相關規劃、政策制度。開展業務化技術裝備體系研究。承擔國家全球海洋立體觀測網及海洋觀測重大工程的總體論證和頂層設計工作，承擔海洋環境保障相關規劃和政策研究，承擔極地發展研究。承擔參加國際海洋觀測組織和

物業保障部（簡稱“物保部”）負責中心后勤正常運行管理和服務保障。